合肥市翡翠路900号离合肥南站更近。

合肥市翡翠路900号位于合肥市的南部，而合肥南站也位于城市的南部，因此从地理位置上看，合肥市翡翠路900号离合肥南站较近。合肥站则位于城市的北部，相对而言距离较远。

具体来说，从合肥市翡翠路900号到合肥南站的直线距离比到合肥站的直线距离要短。此外，考虑到交通状况和道路条件，从合肥市翡翠路900号出发，前往合肥南站也比前往合肥站更为便捷。一般来说，选择南部的交通路线会更顺畅，耗时也会相对较短。

在实际出行中，乘客通常会根据目的地的位置选择最近的火车站。由于合肥市翡翠路900号距离合肥南站更近，因此大多数情况下，乘客会选择从合肥南站出发或抵达。

综上所述，合肥市翡翠路900号离合肥南站更近。这一结论基于地理位置、交通状况和实际出行便捷性的考虑。