商业房办房产证契税的计算主要依据《中华人民共和国契税法》及相关地方政策。一般来说，契税的税率为房屋交易额的3%～5%，具体税率由省、自治区、直辖市人民政府在规定的税率幅度内确定，并报财政部和国家税务总局备案。

在计算契税时，首先需要确定计税依据，即房屋的交易额。然后，根据所在地的契税税率，将交易额与税率相乘，得出应缴纳的契税金额。例如，如果某商业房的交易额为100万元，当地契税税率为3%，则该商业房办理房产证时需要缴纳的契税为100万元乘以3%，即3万元。

需要注意的是，契税的缴纳是办理房产证的重要环节之一，购房者应在规定的时间内完成契税的缴纳，以确保房产证的顺利办理。同时，购房者还应了解当地的具体政策规定，以避免因政策差异而导致的契税计算错误或遗漏。