两者的区别为设施和服务、馆藏类别。

1、设施和服务：哈佛大学图书馆的设施和服务非常完善，每个分馆都有自己的独立特色和服务，提供了多种检索、借阅、咨询、阅读等服务。南京大学图书馆也具备较高的设施和服务水平，提供了数字化检索、自助借还、阅览等服务，同时还有书店、咖啡厅等辅助设施。

2、馆藏类别：哈佛大学图书馆的馆藏以人文社会科学、自然科学和工程技术类书籍为主，同时还收藏有大量的珍贵古籍、手稿和艺术品。南京大学图书馆则主要收藏中国和外国文学、历史、哲学、法学、经济学、社会学、心理学、数学、物理、化学、计算机科学等方面的书籍。