南京住房维修基金申请流程根据不同情况有所区别。首先，对于已成立业主委员会的住宅区，业主委员会作为主体进行维修基金使用申请。申请时需获得2/3以上业主同意，并提交维修预算。

对于未成立业主委员会的住宅区，若已实施物业管理或有房屋管理单位，则物业服务企业或房屋管理单位可作为被委托单位办理维修基金使用申请。反之，如无物业管理单位及业主委员会，则由辖区社区作为申请主体，进行维修基金使用申请。

所有申请材料需递交给市住房保障和房产管理局，由工作人员进行审核。申请时，需注意公共设施维修费用的金额不宜过小，且申请的业主应以单元或楼为单位提出，避免仅为个别住户申请。