发生土地确权纠纷时，当事人可以通过以下方式进行处理：

1、发生纠纷的双方当事人可以就纠纷事项进行协商，以达成一致；

2、如果双方协商不成的，可以申请当地人民政府处理，由人民法院作出处理决定；

3、当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以在收到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院提起诉讼。