厦门市位于台湾海峡西岸中部、闽南金三角的中心，地处北纬24°23'-24°54'、东经117°53'-118°26'，隔海与金门县、龙海市相望，陆地与南安市、安溪县、长泰县、龙海市接壤。厦门市境域由福建省东南部沿厦门湾的大陆地区和厦门岛、鼓浪屿等岛屿以及厦门湾组成。2011年，全市土地面积1573.16Km²，其中厦门本岛土地面积141.09Km²（含鼓浪屿），海域面积约390Km²。

厦门海域包括厦门港、外港区、马銮湾、同安湾、九龙江河口区和东侧水道。厦门港外有大金门、小金门、大担、二担等岛屿横列，内有厦门岛、鼓浪屿等岛屿屏障，是天然的避风良港，其海岸线蜿蜒曲折，全长234公里，其中12米以上深水岸线约43公里，适宜建港的深水岸线约27公里。港区外岛屿星罗棋布，港区内群山四周环抱，港阔水深，终年不冻，是条件优越的海峡性天然良港，历史上就是中国东南沿海对外贸易的重要口岸。