佳能EOS M5与EOS M6拥有相同的感光元件、图像处理器和网络功能，感光度和连拍速度均相同。除了机身外形（M6更小巧），它们的主要差异还有以下三点：

1、电子取景器：EOS M5内置约236万像素电子取景器，EOS M6用户如需要电子取景器则需要选配EVF-DC2；

2、液晶屏：EOS M5具备和1DXII、5D4相同的3.2英寸约162万像素液晶屏（900×600分辨率），而EOS M6使用相对普通的3.0英寸约104万像素液晶屏（720×480分辨率）；

3、翻折方式：因内置取景器的关系，EOS M5采用下翻式自拍设计，而EOS M6采用上翻式自拍设计。