河南省省直机关住房资金管理中心内部设六个科室，分别为综合科、归集科、信贷科、会计科、信息科和法制科。各科室职能如下：

综合科负责日常行政事务、新闻宣传、文秘、公文、档案、考勤管理等行政工作，以及资产管理、车辆管理、后勤保障服务、安全保卫和来信来访接待等后勤工作。同时，负责内部规章制度的拟定和综合统计报表的填报，以及对外服务窗口的协调管理。

归集科管理省直单位、中央驻郑单位、省属大专院校及其所属单位的住房公积金，负责年度计划及执行情况报告的编制，单位住房公积金缴存登记及汇缴的办理，公积金缴存比例和额度的年度调整，以及职工住房公积金的提取、封存、转移、公积金贷款委托扣划和特困企业住房公积金的缓缴、销户业务手续的审批与办理。同时，负责与欠缴单位的公积金催缴，建立审查催缴制度，对违反相关法规、条例的行为进行检查和查处。

信贷科执行住房公积金贷款使用计划，负责个人贷款的组织实施，受理、贷前调查、贷款审查和贷款的发放，以及贷款本息回收的记载与动态管理，清收、提前还贷和逾期贷款的催收、处置工作。此外，负责公积金个人贷款报表的汇总编报和统计分析，制定贷款管理的各项规章制度及操作程序，负责贷后管理和贷款档案的管理，对委托银行的监督、检查、管理工作。

会计科负责公积金财务管理和会计核算工作，编制年度预算、决算、财务报表并定期向住房公积金管理委员会和财政部门报送，合理调度资金，确保公积金保值增值，监督、检查受委托银行住房公积金专户，管理公积金核算与结息工作，核算、管理和支付维修资金、住房补贴资金及其他资金，并统计上报归集、提取、使用情况。

信息科确保公积金管理信息网络的安全，负责公积金应用程序的开发维护、数据库管理，合理分配岗位人员业务权限并监督运行情况，中心内部业务网络与省监管系统对接，住房公积金信息查询体系的畅通，以及网站的建立、信息发布和管理。

法制科负责宣传、贯彻落实《住房公积金管理条例》及相关法律法规，进行住房公积金行政执法宣传，对法规政策执行情况进行检查和监督，对单位责令限期办理公积金缴存登记、账户手续，逾期不办理或不缴、少缴的单位实施行政处罚或申请法院强制执行。负责住房公积金维权类信访的协调处理，贷款逾期三期以上的催收、不良贷款的法律诉讼及贷款担保资产的处置。此外，开展普法教育和其他法律事务问题的调查、办理与协调工作，进行与住房公积金业务相关的法律课题调研。