1. 清真餐厅作为一家合法经营的餐饮企业，首先需要申请企业法人营业执照（对于个体经营者则为个体工商户营业执照）。

2. 为了确保餐厅提供的食品符合国家食品安全标准，必须获得食品生产许可证和食品流通许可证。

3. 餐厅提供餐饮服务，还需申请餐饮服务许可证，以确保服务质量和食品安全。

4. 消防安全是餐厅运营的重要环节，因此需要通过消防部门的审批，并获得消防审批证书。

5. 餐厅在经营过程中会产生废水和其他废弃物，因此必须取得排污许可证，确保合法处理这些废物。

以上证件的具体要求和申请流程可能因地区而异，建议餐厅负责人向当地工商行政管理部门和食品药品监督管理部门咨询具体细节。