合同编号的填写方法包括：（1）分类编号：首先根据合同的种类进行分类，通常用合同类型前两个大写字母的简写作为分类。（2）日期编号：以签订合同的日期作为编号的基础。（3）份额编号：对于中小型企业，二级编号通常已足够日常运营使用。然而，对于合同量较大的大型企业，可以使用份额数来区分不同的合同。（4）明责编号：在大型企业中，由于签订合同的人员较多，为了明确责任，员工的工号可能会被加入到编号中。