办理自建房房产证，需前往市房管局房地产市场申请房屋权属登记。申请时，需携带以下文件：

1. 国有土地批文，证明拥有合法土地使用权。

2. 建设工程规划许可证，确保建筑符合城市规划要求。

3. 红线图，显示建筑边界。

4. 个人身份证，证明身份。

手续齐全后，房管部门将在收到申请之日起的10个工作日内核发房屋所有权证书。取得房产证后，携带该证和国有土地批文，可前往土地管理部门办理土地证，实现房产所有权的完整确立。整个流程旨在确保自建房合法化，为业主提供法律保护和权益保障。