深圳保障房申请流程分为以下几个步骤：

第一步，申请人需在规定时间内携带身份证，提交《深圳保障申请表》并提供相关申请材料至市住房保障部门。

第二步，市住房保障部门将与市规划国土、市人力资源保障部门合作，在30个工作日内对申请人的资格进行审核，包括其享受本市住房优惠政策情况、在本市的住房状况及缴交医疗保险情况。

第三步，审核通过后，市住房保障部门会在市政府网站及本部门政府网站上公示15天。公示期间，如无异议或异议不成立，申请人将被列入轮候册进行轮候，相关信息会公开。

第四步，当申请人轮候到位，需在规定时间内至市住房保障部门选择合适的住房，市住房保障部门将出具审核合格意见，并将名单抄送至市房地产登记机关。

最后一步，申请人持审核合格意见与建设单位签订安居型商品房买卖合同。合同签订10日内，由建设单位完成相关手续。

整个流程旨在公平、透明地为符合条件的申请人提供住房保障，确保资源合理分配。