培养基灭菌方法多样，主要包含干热灭菌、高压蒸气灭菌、水浴-加热-流动蒸汽灭菌、过滤灭菌、辐照灭菌和化学试剂灭菌。每种方法灭菌效果和适用范围各不相同，需根据具体情况选择。

干热灭菌适用于耐热器皿，如移液管和玻璃平皿，可在170摄氏度灭菌2-4小时。接种环、涂布棒等实验器材可用酒精灯直接灼烧灭菌。灭菌效果佳，但需注意热穿透慢，不可摆放过满，且不宜灭菌塑料、橡胶等不耐热材质。

高压蒸气灭菌（湿热灭菌）适用于大部分培养基，灭菌温度121摄氏度，时间为15-20分钟，或116摄氏度，30分钟。灭菌效果同样好，但需注意排除冷空气，避免培养基中过多芽孢，或灭菌不当，以及容器密封导致灭菌失败。

水浴-加热-流动蒸汽灭菌适合含有不耐热成分的培养基，如XLD琼脂等。灭菌后培养基抑菌性强，但需注意不同培养基成分耐热性不同，加热时应注意避免成分分解。

过滤灭菌多用于抗生素或含有不耐热成分的培养基，适用于无菌空气过滤。灭菌效果佳，但需注意滤膜浸湿，过滤速度和体积，以及黏度大或有沉淀的培养基不适合此法。

辐照灭菌如微波、紫外线、X射线、γ射线可杀灭微生物。γ射线穿透力强，适用于食品、药品灭菌。但需注意辐照剂量和琼脂加入量，玻璃制品、金属制品不可用此法。

化学试剂灭菌通常使用环氧乙烷或消毒剂浸泡。环氧乙烷为高效消毒剂，但需注意残留和环境污染。

选择灭菌方法时需考虑培养基特性和微生物需求，常规湿热灭菌效果好，特殊情况下采用薄膜过滤等方法。