农村自建两层别墅的费用大致在50万至数百万元人民币不等。具体费用取决于诸多因素，下面为您详细解释：

一、建筑成本分析

1. 地基与土地费用：别墅建设首先需要考虑土地问题。如果土地是自己的，则无需额外支付费用；若是购买，则要根据土地所在地区的价格来计算。

2. 建筑材料费用：包括砖、水泥、钢筋、门窗、瓷砖等。材料选择不同，价格差异较大。

3. 人工费用：建筑工人的工资是建筑成本中的重要部分，包括瓦工、木工、水电工等。

4. 设计与建设费用：包括别墅设计费用及施工队的费用。设计费用取决于设计师的知名度和设计复杂度；施工队的费用则取决于施工质量和工期。

二、其他因素考虑

1. 地理位置：不同地区的物价和人工费用存在差异，影响整体造价。

2. 装修费用：别墅建成后的装修费用也是一大开销，包括室内装修、室外庭院设计等。

3. 法规政策：需要考虑当地的建筑规范、政策要求以及可能的税费等。

三、总体价格范围

自建两层别墅的价格因各种因素而异。如果选择一般的建筑材料和装修标准，并且不考虑土地购买费用，大约需要50万至100万元人民币左右。若追求高品质材料、设计装修等，费用可能会达到数百万元人民币。

总的来说，自建两层别墅的费用需要根据实际情况进行预算，包括上述各项费用在内，最终得出一个准确的预算数额。