办公室，负责机关日常运转工作，包括文电、会务、机要、档案等；承担政务督查、信息、宣传、保密、信访、安全保卫、新闻发布、机构编制管理、人事劳资、队伍建设和教育培训等工作；处理有关外事工作；管理机关离退休人员。

财务科，组织起草全市国内外贸易和国际经济合作的中长期发展规划，研究提出相关财税、金融、价格等政策建议；监测分析商务运行状况，提供相关政策建议；管理国内外贸易、国际经济合作业务资金、专项基金、援外经费等；编报预决算并下达预算；承担本部门资产管理、基本建设、内部审计工作；负责统计及信息发布。

法制与信息化科，负责全市国内外贸易流通发展趋势的调查研究，提供重大问题对策建议；规划并实施商务信息体系建设，监督电子政务网络系统安全稳定运行；负责机关及局属单位的办公自动化工作；申报和审核局机关有关规范性文件；指导“12312”商务举报、投诉和咨询服务；开展反垄断审查、竞争政策交流、产业损害调查等工作；管理商务部网站；组织商务系统信息化培训，指导企业推广电子商务；负责普法工作及行政复议、行政诉讼。

市场秩序科，牵头协调整顿和规范市场经济秩序，推动商务领域信用建设，指导信用保险和商业信用销售；参与打击侵犯知识产权、商业欺诈；监督管理畜禽定点屠宰；指导全市商务综合行政执法；管理药品流通企业。

市场体系建设与运行调节科，组织制定健全规范市场体系的政策，协调打破市场垄断、行业垄断和地区封锁；规范零售商促销和零售商供应商公平交易行为；提出引导资金投向市场体系建设的政策；会同财政部门管理服务业发展专项资金；推进农村市场和农产品流通体系建设；指导大宗产品批发市场规划和城市商业网点规划；推进“家电下乡”、汽车以旧换新等工作；监督管理拍卖、典当、租赁、汽车流通和旧货流通行业；指导全市流通行业协会；监测市场运行、商品供求状况，提供预测预警和信息引导；管理生活必需品市场供应应急管理机制；管理重要消费品储备和市场调控；负责茧丝绸协调工作；组织实施酒类商品监督管理法规、规章和政策，监督管理全市酒类商品流通，管理酒类经营人员资质培训。