国土资源部门、农业农村部门、地方政府。

1、国土资源部门负责土地的管理和规划，包括土地的确权登记、土地承包经营权的管理等。

2、农业农村部门在农村耕地的管理中起着重要的角色。

3、地方政府在农村耕地管理中扮演着重要的角色。根据中国的土地管理法规定，县级以上地方政府负责组织土地的调查、登记和管理，确保土地的合理利用和保护。