建筑工程设计资质体系分为三个层次：综合资质、行业资质和专项资质。其中，综合甲级资质是建筑设计领域的最高级别，只针对企业设立。持有综合甲级资质的企业，其工程设计业务范围广泛，不受任何行业或专项的限制，具备全面的设计能力。

相比之下，工程设计行业资质和专项资质则根据工程性质和技术特性细分为不同的类别和级别。行业资质的持有者可以承担本行业内的同级别工程设计任务，无需另外获取专项资质，这使得他们的业务范围相对更为专业和定向。而专项资质则专门针对某一特定领域的设计，如结构工程、环境工程等，取得此类资质的企业只能从事相应专项的设计工作。

总结来说，综合甲级设计院的资格更全面，业务范围广泛，而建筑甲级设计院可能更专注于某一行业或专项设计。选择哪种资质，取决于项目的需求和设计院的专业特长。