近亲婚配增加了某些常染色体隐性遗传疾病的发生风险。

近亲婚配的夫妇有可能从他们共同祖先那里获得同一基因，并将之传递给子女。如果这一基因按常染色体隐性遗传方式，其子女就可能因为是突变纯合子而发病。

近亲不能结婚，近亲结婚对后代会有非常大的影响，近期结婚所产下的孩子也有较高的患病风险。为了规避这样的风险，为了减少人生的悲剧，所以近亲是不能结婚的，这违背了人性也给新生儿带来无尽的痛苦，有很多国家用指定的法律来限制近亲结婚（包括我国）。