南京S3号线经过以下站点：南京南站、宏运大道站、明光西路站、雨花站台站等。以下是详细的解释：

南京S3号线是南京地铁的一条重要线路，连接了城市的多个重要区域。该线路起始于南京南站，这是南京的主要铁路客运站，也是地铁交通的重要节点。乘客可以方便地在此换乘其他地铁线路或前往市区各个方向。

从南京南站出发，S3号线会经过宏运大道站。宏运大道是南京市内的一条主要干道，连接了城市南部的重要区域，是日常通勤和出行的重要通道。地铁在此设站，极大地方便了市民的出行。

接下来是明光西路站，该站点位于南京市的核心区域，周边有众多的商业设施和居民区。设置地铁站点，不仅方便了周边市民的出行，也促进了周边地区的经济发展。

最后到达的是雨花站台站，这是S3号线的一个重要交通枢纽站。在此站，乘客可以换乘其他地铁线路，前往城市的不同方向。雨花站台站周边也有众多的公共设施和居民区，设置地铁站对于提升该地区的交通便捷性和吸引力有着重要作用。

以上即为南京S3号线经过的主要站点。这些站点的设置极大地方便了市民的出行，也促进了南京市的经济和社会发展。