含义不同、词源不同。

1、根据查询中国文学网显示，含义不同：首府为民族自治地方的行政中心，中国自治区和自治州的行政中心都称作首府。首都，对一个国家的政治中心和中央政府所在地的称呼。

2、词源不同：首府，来自于中国古代的行政区划。首都，民国政府定都南京，至此中国第一次有了“首都”的称呼。