1987年12月，撤销水城特区，设立六盘水市钟山区和水城县；以原水城特区的水城、大河、汪家寨、大湾、老鹰山、观音山6个镇和城关、教场、其林、德坞、凤凰、白腻、月照、煤厂、以德、艺奇、纳福、三合、二塘13个乡为钟山区的行政区。

2006年，钟山区辖4个街道（黄土坡、荷城、凤凰、德坞）、1个乡（月照彝族回族苗族）、4个镇（大湾、汪家寨、大河、老鹰山），63个行政村、65个居委会、49个社区。

2013年5月21日，钟山区老鹰山镇整建制划归水城县管辖，原老鹰山镇行政区域和政府驻地不变。

2013年5月21日，水城县双戛彝族乡整建制划归钟山区管辖，原双戛彝族乡行政区域和政府驻地不变，钟山区、水城县行政区域界线作相应变更。

2014年3月15日，撤销钟山区月照彝族回族苗族乡建制，设月照街道。

2015年12月8日，撤销双戛彝族乡建制，设置双戛街道。

截至2015年12月8日，钟山区辖大湾镇、汪家寨镇、大河镇3镇，黄土坡街道、荷城街道、凤凰街道、德坞街道、月照街道、双戛街道6个街道。