山东农村自建三层别墅价格因多种因素而异，难以给出具体数字，但大致造价在百万至数百万之间。

1. 地域和建筑规格因素：别墅造价受到所在地区及具体建筑规格的影响。山东各地农村的经济状况、地价、建材价格等都有所不同，因此自建别墅的价格会有所差异。三层别墅的建筑面积、设计复杂度、所用材料等都会直接影响到最终造价。

2. 建筑材料与品质选择：别墅的造价与所选的建筑材料密切相关。例如，使用高品质建材如进口钢材、高档瓷砖、优质玻璃等都会使造价上升。同时，内部装修的豪华程度也会影响整体造价。

3. 设计与施工费用：设计费用包括建筑设计、结构设计及景观设计等。施工费用则涉及到人工费、施工周期及其他相关费用。这三层别墅的设计越独特复杂，施工费用越高。

4. 其他因素：除此之外，还有一些其他因素如地基处理、水电安装、外部环境改造等都会对造价产生影响。三层别墅还可能涉及到地下室、露台、绿化等附加项目，这些都会增加总造价。

总的来说，山东农村自建三层别墅的价格因各种因素而异，需要根据具体的建筑规模、选材、设计要求等情况进行综合评估。如果您有明确的建筑计划和预算要求，建议咨询当地的建筑公司或设计师，以获得更为准确的造价估算。