农村自建房过户费用主要涵盖以下几个方面：

首先，以评估价和建筑面积为依据进行计算。

其次，需要支付以下款项：

1.测绘费，每平方米1.36元，由买家承担；

2.评估费，按评估金额的0.5%收取（可上下浮动）；

3.契税，依照评估金额的3%收取（如建筑面积超过144平米，则需缴纳3%），由买家承担；

4.所得税，按1%计收（持满五年且唯一的普通住宅可免征），由卖家承担；

5.交易费，每平方米6元，由买家承担；

6.工本费，共计80元，其中包括工本印花税5元，由买家承担；

7.营业税，按5.6%征收。法律依据《土地管理法》。