二手公寓税费的计算方式如下：

1. 二手公寓交易时，买卖双方需向税务部门支付各类税费，这些税费包括营业税、个人所得税、土地税、印花税、城市维护建设税和契税等。

2. 对于个人转让普通住宅的情况，目前暂不征收土地税。印花税的税率为房屋买卖成交价的0.05%。个人所得税的计算依据是转让财产的收入额减去财产原值和合理费用后的余额，税率为20%。普通住宅的契税为2%，而高档商品房的契税则为4%。

3. 根据最新政策，营业税存在满两年免征的规则，即满两年以上的房产在转让时无需缴纳营业税。对于满五年的房产，则不需要缴纳个人所得税。对于不满两年的房产，营业税的计算方式为房屋评估总额乘以5.6%。