日本名贵树种有：

1. 日本黑松：这是一种常见的常绿针叶树，具有优美的形态和坚韧的生命力，经常被用作园林和寺庙的观赏树种。其木材坚固耐用，适合制作家具和建筑用途。

2. 银杏：银杏在日本被称为“长寿之树”，其树叶独特的扇形形状和明亮的黄色使其在秋季非常受欢迎。除了观赏价值，银杏木材轻且柔软，具有高度的防腐性，常用于制作乐器和雕刻艺术品。

3. 日本紫杉：这是一种古老的常绿针叶树，其独特的红色树皮和优雅的形态使其具有很高的观赏价值。此外，紫杉木材坚韧且耐磨，可用于制作高档家具和雕刻工艺品。

以下是关于这些树种的详细解释：

日本黑松：这种树木因其优美的形态和坚韧的生命力而受到赞誉。在园林设计中，它常被用作景观的一部分或是寺庙的标志性树种。其木材坚固耐用，具有很高的实用价值。此外，日本黑松对环境的适应能力很强，能在多种气候条件下生长。

银杏：银杏在日本文化中具有重要地位，象征着长寿和健康。其独特的扇形树叶和明亮的秋季色彩使其在观赏方面具有很高的价值。银杏木材具有很高的实用价值，特别是在乐器制作和雕刻艺术品方面，因为它的质地轻而柔软，同时还具有高度的防腐性。

日本紫杉：这种古老的常绿针叶树因其红色的树皮和优雅的形态而受到赞赏。除了观赏价值外，紫杉木材也非常珍贵，因其坚韧且耐磨的特性而被用于制作高档家具和雕刻工艺品。日本紫杉也是许多传统工艺品的重要原材料之一。