在农村地区，违章建筑拆除程序通常开始于行政机关的调查和证据收集。一旦确认建筑物违法，行政机关会向违章搭建人发出停止违法行为通知书，要求其立即停止违法建设行为。如果搭建人拒绝拆除，行政机关在作出行政处罚决定前，需向其发出行政处罚告知书，明确告知拟处罚结果以及被处罚人有权进行陈述和申辩。这一程序旨在实现处罚的公开透明，保障当事人充分行使陈述权和申辩权。

如果当事人在规定期限内未拆除违章建筑，且没有法律另有规定的例外情况，行政机关有权依法向法院申请强制执行。这一执行程序旨在确保法律的有效实施，维护社会秩序。

值得注意的是，在城市房屋拆迁过程中，拆除依法应当拆除的违法建设物时，通常不会给予补偿。此规定意味着，在处理违章建筑时，应当根据具体情况分类处理。对于依法应当拆除的违章建筑，通常会进行拆除并取消补偿；而对于拆迁公告前可以补办手续的违章建筑或手续不齐全的房屋等，应进行事实调查，妥善处理，对于应当给予补偿的情况，则会给予适当补偿。

总之，违章建筑的拆除程序旨在保护合法权利，维护法律秩序，同时根据具体情况合理处理违章建筑，确保公正公平的执行法律。在这一过程中，行政机关需严格遵守法定程序，确保每个环节的公正透明，以实现法律的正确实施和社会的和谐稳定。