南京契税的征收方式如下：

南京契税的征收主要依据房屋的成交价格、面积以及购房者的购房情况来确定。个人购买普通住房时，契税税率根据房屋面积的不同而有所区别。具体而言，对于家庭首套住房，如果房屋面积在90平方米及以下，契税税率为1%；如果房屋面积在90平方米以上至144平方米，契税税率为1.5%；若房屋面积超过144平方米，契税税率为3%。对于家庭第二套改善性住房，不论面积大小，契税税率统一为3%。

此外，值得注意的是，南京市在契税征收方面还提供了地方财政补贴政策。购房者实际负担的契税税率仅为总税率的0.75%，而剩余的1.25%由地方财政进行补贴。这一政策旨在减轻购房者的经济负担，促进房地产市场的健康发展。

在办理契税缴纳时，购房者需要准备一系列相关材料，包括商品房买卖合同、购房发票或收据、个人身份证明等。这些材料将用于审核购房者的购房情况和契税计算依据。购房者需携带完整材料前往当地税务局或指定的办税服务厅进行申报和缴纳。

契税的缴纳流程通常包括准备申报税务信息、提交税务信息并申报、确认税务信息并支付契税以及办理后续手续等步骤。在确认税务信息无误后，购房者需按照通知单上的金额完成契税支付。支付完成后，税务部门将出具契税完税证明，该证明是办理房屋权属登记的重要凭证。

综上所述，南京契税的征收根据房屋面积和购房情况确定税率，并提供地方财政补贴以减轻购房者负担。购房者在办理契税缴纳时需准备齐全相关材料，并按照规定的流程进行申报和支付。